Среща с Кейси Джоунс Рафаело започва да се чувства зле затворен под земята само със своите братя и учителя Сплиндър. След като в приятелска схватка той за малко не ранява Микеланджело, става повече от ясно, че трябва да излезе навън и да изпусне малко парата. Срещайки Кейси Джоунс, борец срещу престъпността, действащ на ръба на закона, Рафаело се изправя срещу реалността за пътя, по който поема. След кратко спречкване, двамата разбират, че трябва да работят в екип, след като попадат в капана на бандата на Пурпурните Дракони, заложен специално за Кейси в мрачно, изолирано място в Сентръл Парк. Нано Когато супер-мощно нанотехнологично чудовище със съзнание на дете е случайно освободено от лаборатория, то попада в ръцете на дребен крадец и мошеник, който го осиновява. Използвайки чудовището, мошеникът започва да опустоава и ограбва. Когато достига и до новия магазин за антики на Ейприл, Костенурките идват на помощ. Но как може да се спре нещо, което се възстановява невероятно бързо, след като е разбито на парчета? Това е въпрос, на който Костенурките е най-добре бързо да намерят отговор, защото Нано-матик нарязва, разбива и може да направи крем-супа от костенурки за секунди! Мрак в покрайнините на града Костенурките, разследвайки странно спиране на тока, попадат на група Нинджи, които открадват японски церемониален меч от музея на изкуствата Метрополитън. Изглежда, че мечът притежава невероятни сили - възможност да предизвиква мощни шокови вибрационни вълни. Разследвайки друго спиране на тока, Костенурките откриват, че Нинджите са закачили меча за високо-технологично оръдие с някаква престъпна цел. Костенурките се впускат в битка с цяла армия Нинджи, за да изключат вибрационното оръдие, което заплашва да унищожи голяма част от Манхатън...